2026年9月見直し対応！「月45時間超」で労基署の監督指導が変わる 今すぐ見直す「健康福祉確保措置」の実務

2026年9月1日から、時間外労働に関する労働基準監督署の相談支援・監督指導が見直されました。これまでは36協定を守っているかどうかにかかわらず「時間外労働は月45時間以内に」という一律の指導が行われてきましたが、今後は月45時間・年360時間の限度時間を超えた場合に、36協定で定めた「健康福祉確保措置」が実際に実施されているかに指導の重点が置かれる見込みです。本セミナーでは、社会保険労務士が見直しの背景から、労働時間管理と36協定の実務ポイント、健康福祉確保措置の選び方までを詳しく解説しました。

このページでは、セミナーの要点をレポート形式でまとめています。36協定の見直しや長時間労働対策のご参考にしてください。

人事・労務担当者向けチェックリスト

ひとつでも当てはまる方はぜひレポートをご覧ください。

• 2026年9月からの労基署の指導方針見直しの内容と背景を知りたい
• 労基署の臨検監督がどのように行われるのかを確認したい
• 労基法と労働安全衛生法、それぞれの労働時間の集計方法の違いを整理したい
• 36協定の特別条項で定めた「健康福祉確保措置」が実際に運用できているか不安がある
• 健康福祉確保措置①〜⑩のうち、自社で実行できる措置をどう選べばよいか知りたい
• 次回の36協定締結に向けて、定め方のポイントを押さえておきたい
• 今後予定されている労働基準法改正の論点を把握しておきたい

登壇者

北條 孝枝

株式会社ブレインコンサルティングオフィス　社会保険労務士・メンタルヘルス法務主任者

1. 労基署の指導方針見直しの背景

2026年8月19日、厚生労働省は「時間外労働に係る相談支援及び監督指導を見直します」と発表し、同年9月1日から労働基準監督署における対応が見直されました。

これまで労基署では、36協定を遵守しているかどうかにかかわらず、時間外労働を月45時間以内に収めるよう一律に指導してきました。これに対し、政府の成長戦略会議に新設された労働市場改革分科会などで「指導が画一的・硬直的になっている」との指摘があり、見直しにつながっています。

つまり、法律の上限規制そのものが変わったわけではなく、「限度時間を超えて働かせる場合に、約束した健康福祉確保措置を実際に行っているか」が今後の監督指導で重点的に確認されるようになる、というのが今回の見直しのポイントです。

2. 今後の労働時間法制の議論

働き方改革関連法の施行から5年が経過したことを受け、厚生労働省では2025年2月から次期労働基準法改正に向けた議論が続けられてきました。法案はまだ国会に提出されておらず、2026年夏以降、労働政策審議会で以下のような事項が審議されることになっています。

※労働基準法はまだ改正されていません。最新の動向は厚生労働省の労働政策審議会（労働条件分科会）の資料でご確認ください。

3. 労働基準監督署の臨検監督とは

臨検監督は労働基準監督官の主要な業務で、1か月の半分ほどを費やすといわれています。事業場に立ち入り、労働条件や安全衛生などについて調査するもので、原則として予告なしで実施されます。

「臨検」は臨時の調査というイメージを持たれがちですが、実際には毎年の指導方針に基づき重点業種などを中心に行われる「定期監督」に含まれるものです。このほか、労働者からの申告を受けて行われる「申告監督」や、重大な労働災害発生時の監督があります。労働時間に関する調査は、主に定期監督と申告監督で行われます。

多くの場合は是正勧告・改善指導を受けて改善報告書を提出し、改善が確認されれば完了します。ただし、重大・悪質な法違反の場合は書類送検の対象となり、経営者や上司だけでなく人事労務担当者も対象となり得ます。送検されると企業名が厚生労働省のホームページで原則1年間公表されます（毎月更新）。なお、送検事案の約半数は労働安全衛生法違反です。

4. 労働時間の上限規制と管理のポイント

改めて、現行の時間外労働の上限規制を確認しておきましょう。

• 時間外労働の上限（限度時間）は原則として月45時間・年360時間
• 特別条項を設けても、年720時間、単月100時間未満（休日労働を含む）、2〜6か月の複数月平均80時間以内（休日労働を含む）
• 月45時間の限度時間を超えられるのは年6か月まで

限度時間を超える月が年の半分を超えるようでは「臨時的」とはいえない、というのが行政の考え方です。次期改正に向けては、時間外労働を36協定の原則（限度時間）に近づけていく方向性が示されています。

労基法と労働安全衛生法の時間管理の違い

労基法の集計は所定労働時間ではなく、法定労働時間を基準に行います。また、月45時間の枠に毎月収まっていても、年360時間を超えてしまうことがあるため注意が必要です（360時間÷12か月＝月30時間が目安）。

限度時間を超える場合の「通知」の相手は36協定で定めます。労働者代表への通知は現実的に負担が大きいため、勤怠システムで閾値を設定し、対象者本人（と上司）にアラートを送る運用が現実的です。

労働安全衛生法では、週40時間を超えた労働時間が月80時間を超えた労働者は医師の面接指導の対象となり、本人への速やかな通知と産業医への情報提供が必要です。産業医の選任義務がない50人未満の事業場でもこの義務は免除されないため、地域産業保健センターの活用などを検討しておく必要があります。

5. 36協定の特別条項と「健康福祉確保措置」

特別条項付き36協定（様式第9号の2）では、限度時間を超えて労働させる場合の手続きとあわせて、対象労働者に対する「健康及び福祉を確保するための措置」を定める必要があります。この措置は会社が自由に決めるものではなく、厚生労働省の「労働時間の延長及び休日の労働について留意すべき事項等に関する指針」第8条に示された項目から選ぶ形になっています（複数選択も可能で、1つでも構いません）。

今回の見直しにより、限度時間を超えた労働者がいる場合に、労使で協定したこれらの措置が実際に行われているかが指導の重点となります。そのため、定め方には次のポイントがあります。

6. 健康福祉確保措置の選び方と運用例

①⑨ 医師・産業医等による面接指導、助言・指導

①の「一定時間」は、36協定の限度時間（月45時間・年360時間）を基準に考えるべき内容です。産業医の選任義務がない事業場でも医師による面接指導を実施する必要があり、外部の医師を手配する体制がないと実行が難しくなります。面接指導は、時間外労働・深夜業・休日労働の制限など、必要な就業上の措置を判断するために行います。⑨は、使用者が産業医等から助言・指導を受ける、または労働者に産業医等（保健師なども可）による保健指導を受けさせるものです。

② 深夜労働の回数制限

「一定回数以内」という曖昧な定め方ではなく、1か月に何回以内とするのか、具体的な回数を労使で決めて36協定に記載することが必要です。

③ 勤務間インターバル

9時間・11時間など具体的な休息時間を労使で決めて36協定に記載します。勤務間インターバル制度は2019年4月から努力義務とされていますが、導入企業は6.9%にとどまっています。休息時間を確保するために始業時刻を繰り下げた場合、終業時刻も繰り下げるのか、繰り下げた時間を勤務したものとみなすのかといったルールもあわせて決めておく必要があります。業種・職種によって導入しやすさが異なるため、実行可能かどうかを確認したうえで選択しましょう。

④⑥ 代償休日・特別休暇の付与、年次有給休暇の連続取得促進

④は年次有給休暇とは別に代休や特別休暇を付与するもので、「限度時間を超えた翌月に代休（またはリフレッシュ休暇）を1日付与する」など、時期と内容を具体的に定めます。有給・無給の定めに法律上の制限はありませんが、無給では取得が進みにくいため、その点も含めた検討が必要です。⑥は、休日の前後や飛び石連休の間に年次有給休暇を取得するよう、時間外労働が多くなった個人に促す運用でも構いません。

⑤⑧ 健康診断の実施、配置転換

⑤は「勤務状況」「健康状態」の基準を労使で決めて36協定に記載します（例：時間外労働が3か月平均で月60時間を超えた従業員に速やかに健康診断を実施する）。労働安全衛生法に定める健康診断とは別に実施する必要があります。⑧は、もともと配置転換先がない場合には実効性のある措置とはいえないため、選択は慎重に検討しましょう。

⑦ 相談窓口の設置

窓口を設置するだけでは不十分で、労働者が実際に相談できるよう具体的に周知することが必要です。例えば、勤怠システムのアラートに相談窓口の案内を添えるといった運用が考えられます。窓口は社外に設けても構いません。

⑩ その他

時間外・休日労働を削減し、健康確保につながる措置を労使で定めます（例：労働時間短縮のための労使会議や衛生委員会で具体策を協議する）。労基署の調査では衛生委員会の議事録などの提示を求められることがあるため、記録を残しておくことが大切です。

7. 質問と回答

セミナー中に寄せられた質問とその回答をまとめました。